U ponad 90% pacjentów choroba rozpoznawana jest w tzw. fazie przewlekłej (CP). Jest to etap, który może trwać długo i często przebiega łagodnie lub bezobjawowo.
Bez leczenia choroba zwykle postępuje:
- do fazy akceleracji (AP),
- następnie do fazy blastycznej (BP) (najbardziej agresywnej).
W około 20% przypadków choroba może od razu przejść do fazy blastycznej, bez wyraźnej fazy pośredniej. Postęp choroby wiąże się z narastaniem zaburzeń w funkcjonowaniu komórek oraz pojawianiem się dodatkowych zmian chromosomowych, które mogą pogarszać rokowanie. Wraz z zaawansowaniem choroby rośnie częstość tych zmian.
Zmiany takie, jak: oporność na 2 inhibitory kinaz tyrozynowych (ang. tyrosine kinase inhibitor, TKI) lub obecność mutacji w domenie kinazy BCR::ABL (KD-BCR-ABL), mimo że nie są ujęte w kryteriach rozpoznania fazy akceleracji (AP) ani fazy blastycznej (BP), według zaleceń European LeukemiaNET (ELN) z 2025 r., powinny budzić podejrzenie nasilania się choroby.